Baru pada tanggal 19 Agustus 1985, pernyataan Tuhan tersebut diwujudkan dengan berdirinya SALEM, di bawah Departemen Pendidikan Rohani Yayasan Eleos. Kata "SALEM" merupakan singkatan dari Seminari Alkitab Eleos Malang. Selain itu, kata "Salem" juga mengandung arti "damai" — sebuah pengharapan agar para alumninya senantiasa membawa berita damai kepada orang-orang yang belum menikmatinya.

Sejak berdiri, SALEM telah menghasilkan sejumlah pengkhotbah awam yang melayani di berbagai gereja di Indonesia. Demi efisiensi pelayanan, pada tahun 1988 lembaga ini dipindahkan dari naungan Departemen Pendidikan Rohani Yayasan Eleos ke bawah Departemen Theologia Sinode Gereja Eleos Indonesia.

Untuk menjaga dan meningkatkan mutu pendidikan — baik secara intelektual maupun moral — STT Salem memperluas kemitraan dengan berbagai Perguruan Tinggi Teologi dan Sinode-Sinode Gereja baik di dalam maupun di luar negeri. Secara khusus, kerja sama dengan General Assembly of Presbyterian Church in Korea (KOSIN) melalui Badan Misi KPM (Korean Presbyterian Mission) telah terjalin sejak tahun 1983.

Pada tanggal 19 Juli 2007, kerja sama ini diresmikan secara formal dengan KOSIN University Korea, yang diwujudkan melalui pelaksanaan Seminar Teologi Reformed dengan narasumber dari KOSIN University pada tahun 2008 di STT Salem.

Pada akhir tahun 1990, setelah meninjau sistem pendidikan di SALEM, Tim Evaluasi dan Akreditasi Perguruan Tinggi Theologi Departemen Agama Republik Indonesia memberikan ijin operasional (status terdaftar) untuk jenjang Strata 1 (S1). Sejak saat itu, SALEM resmi berganti nama menjadi Sekolah Tinggi Teologi SALEM (STT Salem).

STT Salem menggunakan sistem pendidikan terpadu — memadukan pendekatan teologi tradisional (ilmiah) dengan sistem pendidikan yang praktis — sesuai dengan kebutuhan tenaga hamba-hamba Tuhan. Melalui sistem ini, mahasiswa tidak hanya dibekali intelektual yang memadai dalam bidang akademis, melainkan juga dipersiapkan secara moral dan integritas untuk menjadi hamba Tuhan yang bertanggung jawab dan diandalkan.